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Encoding:
Text File  |  1993-01-04  |  2.3 KB  |  52 lines  |  [TEXT/QED1]
  1. This describes "Charset Options..." (String Nucleotides menu item of 
  2. Convert menu).
  3.  
  4. Problem: It is difficult to create or keep track of PAUP Charset/Exset
  5.          blocks.
  6.  
  7. Creating:  Use "Create" option and a "label" line included in your
  8.            alignment (in string format). The following example is
  9.            included in the file, "Label_Line.str":
  10.  
  11. aa *********&**********************&&&&****************
  12. ab acttacttggacacttacttggacacttacttggacacttacttggacactt
  13. ac acttacttggacacttacttggacacttacttggacacttacttggacactt
  14. ad acttacttggacacttacttggacacttacttggacacttacttggacactt
  15.  
  16. Here, a label line "aa" was used with the same format and length as the
  17. real strings. Any symbols could have been used except spaces (also avoid
  18. dashes or periods and put it last if you are going to "match"
  19. your sequences to the first sequence, e.g., in Aligner). In the
  20. present example, the symbol "&" might be used for some site of 
  21. interest, perhaps a site one wishes to exclude or weight differently.
  22. The "Create" option will prompt for a line number to use as
  23. label line (i.e., use as many label lines as you want for different
  24. purposes), then prompt for a symbol to use (e.g. "&"), and finally
  25. prompt for the character number of the first site (use "1" unless
  26. you are combining data sets and want to automatically adjust the
  27. charset/exset to start at some higher character number), and then a
  28. new file will be created containing the charset/exset block.
  29. The sample file "Sample_Exset" is what would be "created" using the 
  30. file "Label_Line.str" and the "Create" option:
  31.  
  32.     exset ExclSites = 10 33-36 ;
  33.  
  34. If you want a "charset" rather than a "exset", you need to substitute 
  35. "exset" for "charset". They are of similar utility in PAUP but the 
  36. syntax for referring to them is slightly different. 
  37.  
  38. Extracting:  If you now want to use this exset (or charset) to
  39.              extract particular sites from your aligned strings,
  40.              then use the "Extract" option. After you have already 
  41.              specified the input file with the string data and the 
  42.              output file, and have selected "Extract", there is
  43.              a prompt for specification of the file containing the 
  44.              charset or exset file (sorry, I know this is awkward). 
  45.              In the above example, you would extract the following:
  46.  
  47. aa &&&&&
  48. ab gggac
  49. ac gggac
  50. ad gggac
  51.  
  52.